根据尿中的细菌含量来诊断。
1 无症状性菌尿：亦称隐匿性菌尿，指病人有真性细菌尿，而无泌尿系感染的临床症状。无症状性菌尿常见于女性，临床上常无泌尿系感染的症状和体征，尿常规检查改变不明显，仅有细菌尿。此病可由症状性泌尿系感染演变而来。致病菌多为大肠杆菌。其细菌可来自肾脏或膀胱，故对有持续性细菌尿的病例需进一步定位，并检查是否有泌尿系解剖上的异常，给以恰当的治疗。
2 尿道综合症：又称无菌性尿频—排尿不适综合症。病人间歇或持续出现尿频、尿急、排尿疼痛症状，常以尿频为主要表现。多为女性，但多次尿培养均无细菌。其病因尚不明确，但是有人认为，
与尼龙裤、妇科炎症、过分焦虑、尿道动力学功能异常等因素有关。急性尿道综合症在临床上常可见到，有时中年女性雌激素分泌降低，阴道和尿道粘膜分泌的粘液减少，同时会引起阴道、尿道粘膜干涩，局部抵抗力降低、易引起泌尿系感染外，无泌尿系感染时亦可出现排尿不适感，且反复多次作尿沉渣和尿培养均阴性。在这种情况下，给予小剂量的尼尔雌醇治疗，同时穿宽松的棉内衣裤对症状有明显改善。另外，诊断此病时要同时排除泌尿系结核、厌氧菌、真菌、淋球菌、支原体、衣原体感染。
3 隐匿性肾小球，肾炎：此病以单纯血尿或单纯性蛋白尿为主。但有些病人会伴有白细胞尿，但这类病人给予相应的抗炎治疗后，红细胞尿、蛋白尿仍然持续存在。必要时可作肾活检进行鉴别。
4 肾结核：肾结核以血尿为主要表现，伴有明显的膀胱刺激症状，易误诊为泌尿系感染。但如患者经过积极抗炎治疗后，仍然有尿频、排尿不适感或尿沉渣异常，应高度重视有无肾结核，仔细检查是否有肺结核或盆腔结核的存在，同时作皮肤OT试验，血结核抗体检查，尿沉渣涂片找抗酸杆菌和结核培养，如为阳性，应诊断为肾结核。
孕期菌尿一般不易被发觉，为此，专家建议，孕妇在怀孕早、中、晚期和产前，应常规作清洁中段尿的细菌培养，以了解有无菌尿存在。
