中药治疗男性阴茎短小可以考虑使用六味地黄丸、知柏地黄丸、五子衍宗丸、金匮肾气丸或菟丝子等药物。由于阴茎发育涉及复杂的生理过程，建议在专业中医师指导下使用药物，并酌情考虑就医以获得适当的治疗。

　　1.六味地黄丸

　　六味地黄丸可用于治疗肾阴虚引起的男性阴茎短小。该药具有滋阴补肾的功效。 本品宜饭前服用。感冒发热病人不宜服用。

　　2.知柏地黄丸

　　知柏地黄丸对于因阴虚火旺导致的男性阴茎短小也有一定的治疗效果。此药能滋阴降火。 青光眼、前列腺肥大患者应在医师指导下使用。

　　3.五子衍宗丸

　　五子衍宗丸适用于治疗由肾精亏虚引起的男性不育、阳痿早泄等症状。其可以补肾益精。 忌食生冷、辛辣刺激性食物。外感或实热内盛者不宜服用。

　　4.金匮肾气丸

　　金匮肾气丸对于肾阳不足所致的勃起功能障碍等病症有一定的缓解作用。本品可温补肾阳。 肾阴虚引起者慎用。服药期间忌房事，以免影响病情恢复。

　　5.菟丝子

　　菟丝子对肾虚所引起的男性阴茎发育不良有辅助改善的效果。本品能够补肾益精。 不宜长期大量使用。肝郁化火者禁用。

　　以上提及的所有中成药均需要经过中医师辨证后使用，不可盲目自行滥用。此外，针对男性阴茎短小的问题，在服用药物的同时，还应注意保持良好的生活习惯，如规律作息、均衡饮食和适量运动，以促进身体健康。