诊断标准：
用手尽量拉直阴茎，测量耻骨联合至阴茎头顶端的距离为阴茎长度。阴茎长度小于正常阴茎长度平均值2.5个标准差以上时，即可诊断为小阴茎。
体格检查：
除测量阴茎长度外，还应注意有无与染色体、脑发育异常有关的体征，如眼距宽、小嘴、耳郭位置低、并指(趾)、多指(趾)等。同时了解阴囊发育情况及睾丸位置、数量和大小等。
小阴茎鉴别
1、 假阴茎短小症：
指阴茎在非勃起状态下，虽然长度小于3cm，但在勃起状态下却能显著地延长、增粗2~3倍，且不影响性生活。
2、 潜伏阴茎：
指阴茎虽貌似短小，但用手向后推压阴茎旁皮肤时，可露出正常大小的阴茎。
3、 天宦：
阴茎短小，且睾丸及男性第二副性征发育不全，染色体组型为47，XXY等。
4、 阴茎阴囊融全(蹼形阴茎)：
指阴囊皮肤向前扩展呈薄皱壁样达阴茎腹侧，成年后影响性生活者为蹼形阴茎。
5、 缩阳症：
男性会觉得自己的阴茎在不断缩小，甚至缩入腹内，从而产生一种恐惧，是一种癔病。其不发病时如常人，阴茎及副性征发育均正常。
6、阴囊象皮肿
阴囊过度肿胀，阴茎埋入其中。但有丝虫病感染史，阴囊皮肤增厚，粗糙有皲裂，有时累及股部及下肢皮肤。
