章友康历任北京大学第一医院肾内科主任、科研处处长、副院长和院长，北京医学会肾脏病学会主任委员、中华医学会肾脏病学会副主任委员，中国医院协会副会长兼学术培训部主任、《中国医院》杂志特邀策划顾问，并先后获得国家级、部委级科技成果奖六项。现担任中华内科杂志、中华肾脏病杂志、北京大学学报(医学版)、临床肾脏病杂志、中国新药杂志等国内核心期刊的常务编委、编委及特约审稿人。共获国家级、部委级科技成果奖六项，十余年来在国内核心期刊发表论文150余篇，专著15部。获国务院学位委员会颁发的“有突出贡献的中国博士学位获得者”，享受国家特殊津贴。
章教授一直从事肾脏病领域肾小球疾病发病机理、病理和治疗的实验研究与临床工作，曾在国内肾脏病学界首先建立了包括不同发病机理和多种病理类型的实验性肾炎模型，应用人工方法可复制几乎所有不同病理类型的实验模型系列，为我国肾炎发病机理的实验研究奠定了重要基础，此后，应用该模型系列进行祖国医药治疗肾炎的研究，并被国内同行广泛使用和推广，取得了大量的重要成果，为此，获卫生部科技成果二等奖，国家教委科技进步成果应用二等奖。他还在国内首次报道依靠电镜检查诊断的肾小球疾病，如血尿为主要临床表现的薄基底膜肾病，大量蛋白尿和肾功能短期内快速恶化的纤维样肾小球病、免疫触须样肾小球病和塌陷性肾小球病等一系列肾小球疾病的病理和临床特征，使我国肾小球病理诊断水平提高到一个新台阶，并与国际先进水平接轨。