主要是指胚胎内的婴孩通过产道感染或宫内感染，而感染上与母亲相同的疾病。由于这种疾病传播是从母亲传至子代因而称垂直传播，亦称母婴传播。
经胎盘传播：受感染孕妇体内的病原体可经胎盘血液使胎儿遭受感染，但并非所有感染的孕妇均可引起胎儿感染。可使胎儿感染的病毒有：风疹病毒、水痘病毒、麻疹病毒、肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒、柯萨奇B族病毒、腮腺炎及巨细胞病毒等。
上行性传播：病原体经孕妇阴道通过宫颈口到达绒毛膜或胎盘引起胎儿感染，例如葡萄球菌、链球菌、大肠杆菌、白色念珠菌等。
分娩引起传播：胎儿从无菌的羊膜腔内产出而暴露于母亲严重污染的产道内，胎儿的皮肤、粘膜、呼吸道、肠道均可遭受病原体感染，例如淋球菌、疱疹病毒等。
常见于：
艾滋病
母婴垂直传播是艾滋病的一个重要传播途径。在孕期艾滋病病毒可经胎盘感染胎儿；分娩过程中，胎儿经过母体产道时接触母体的分泌物和血液等可感染艾滋病病毒；产后艾滋病病毒通过母乳喂养可感染婴儿。如实施孕期自愿咨询检测（VCT）、药物阻断、人工喂养等措施，可有效降低母婴传播。
乙肝
一方面是指患有乙肝的孕妇怀孕时，胎儿在子宫内就被感染上了乙肝病毒。 另一方面是孕妇在分娩时通过产道婴儿吸入带乙肝病毒的羊水，或是因吸吮母乳而被感染。
