甲亢引起阴茎发育短小可能与甲状腺激素水平升高、先天性甲状腺功能减退、垂体前叶功能减退、肾上腺皮质功能不全等有关，治疗需根据具体病因进行。患者应尽快就医以便获得适当的治疗。

　　1.甲状腺激素水平升高

　　甲状腺激素水平升高会导致代谢率增加和身体生长加速，包括生殖器官。这可能导致阴茎发育过快，但可能不会达到正常大小。患者可以在医生指导下使用抗甲状腺药物进行治疗，如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等。

　　2.先天性甲状腺功能减退

　　先天性甲状腺功能减退是由于胎儿期甲状腺发育异常引起的，此时甲状腺激素分泌不足，影响了正常的生长发育过程，包括生殖器的发育。针对此病的治疗通常需要长期服用左旋甲状腺素钠片来替代缺乏的甲状腺激素。

　　3.垂体前叶功能减退

　　垂体前叶功能减退会影响促性腺激素的分泌，进而影响睾丸间质细胞产生雄激素，使阴茎海绵体不能得到足够的雄激素支持而出现短小的情况。患者可以遵医嘱口服醋酸可的松、氢化可的松等糖皮质激素类药物进行治疗。

　　4.肾上腺皮质功能不全

　　肾上腺皮质功能不全时，肾上腺无法合成并释放足够的皮质醇，导致体内其他激素失衡，间接影响生殖系统的正常发育。患者可在医生指导下通过注射人绒毛膜促性腺激素的方式促进精子生成，改善生育能力。

　　建议定期监测甲状腺功能和激素水平，以评估病情变化。必要时，应考虑进行超声波检查以评估阴茎长度和其他相关指标。