三个月的小孩吃母乳长的慢可能是蛋白质-能量营养不良、缺铁性贫血、甲状腺功能减退症、先天性肾上腺皮质增生、遗传代谢性疾病等病因导致的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

　　1.蛋白质-能量营养不良

　　蛋白质-能量营养不良是指长期摄入食物中蛋白质和热能严重不足，影响生长发育。导致体重增长缓慢。可通过调整饮食结构、补充营养物质如维生素B族等来改善。

　　2.缺铁性贫血

　　缺铁性贫血是由于体内铁元素缺乏引起红细胞合成血红蛋白减少所致的一种小细胞低色素性贫血状态。会影响血液运输氧气的能力，进而影响组织器官的功能活动，包括消化系统功能减弱，从而影响孩子的食欲和体重增长。可以遵医嘱使用硫酸亚铁片、富马酸亚铁颗粒等药物进行补铁治疗。

　　3.甲状腺功能减退症

　　甲状腺功能减退症是由各种原因引起的甲状腺激素合成、分泌减少，或甲状腺激素生理效应不足所致的一组全身性内分泌疾病。会导致新陈代谢率降低，热量消耗减少，从而影响体重增加。患者可在医生指导下服用左甲状腺素钠片、甲状腺片等药物进行治疗。

　　4.先天性肾上腺皮质增生

　　先天性肾上腺皮质增生是一种常染色体隐性遗传病，由于肾上腺皮质激素合成过程中某些酶的缺陷，使皮质醇等激素合成受阻，醛固酮也减少，ACTH分泌增多，致使肾上腺皮质增生且出现不同程度的 masculinization。可表现为向心性肥胖、痤疮、多毛等症状，但身高增长可能受限。患者需要在医生指导下使用地塞米松磷酸钠注射液、醋酸可的松注射液等药物进行治疗。

　　5.遗传代谢性疾病

　　遗传代谢性疾病是一类由遗传因素决定的生物合成异常所导致的疾病，这些疾病的发病机制通常涉及基因突变或遗传变异，导致特定代谢途径中的酶或蛋白活性下降或缺失，从而干扰了正常的代谢过程。不同类型的遗传代谢性疾病有不同的临床表现，其中一些可能会对生长发育产生影响。针对不同的遗传代谢性疾病，治疗方法各异。例如，对于苯丙酮尿症，可以通过限制苯丙氨酸摄入并定期监测其浓度来进行管理；而糖尿病则需通过胰岛素替代疗法维持血糖水平稳定。

　　建议关注患儿的生长曲线图以评估其生长速度是否符合预期。必要时，应进行血液学检查，包括血常规、电解质分析以及甲状腺功能测定，以排除其他潜在的健康问题。