三个多月婴儿母亲患有梅毒可能会影响其智力。

　　梅毒是由梅毒螺旋体引起的慢性传染病，可通过母婴传播途径垂直传播给婴儿，造成先天梅毒。先天梅毒未经治疗或治疗不充分时，会导致神经系统损害，如脑积水、脑膜炎、脑血管梅毒瘤等，进而影响婴儿的智力发育。

　　如果母亲在怀孕期间接受了规范的抗梅毒治疗，则梅毒螺旋体被有效控制或清除，此时通常不会导致胎儿感染，也不会对婴儿智力产生影响。

　　因此，在考虑梅毒对婴儿智力的影响时，应综合考虑母亲是否接受过及时有效的治疗以及新生儿出生后的随访管理。