典型症状的沙眼很容易做出诊断轻型早期病例则较难诊断按照中华医学会眼科学会(1979年)决定的沙眼诊断依据为:
1上睑结膜血管模糊乳头肥大及滤泡形成等主要是出现在睑板部上缘或上穹窿部及内外眦部
2用放大镜或裂隙灯角膜显微镜检查可见角膜上缘有血管翳
3上睑结膜上穹隆部出现瘢痕
4必要时作睑结膜刮片在结膜上皮细胞中可找到包涵体或培养分离出沙眼衣原体
在第一项的基础上兼有其他三项中之一者即可诊断沙眼