成年人肠套叠一般均有明显原因
多数在肠壁长有息肉、乳头状腺瘤或粘膜下脂肪瘤等。当蠕动波将肠壁肿块推向远端时
牵拉该段肠管一起套入远侧肠腔内而形成肠套叠。美克耳憩室亦可内翻入肠腔而引起肠套叠。成人肠套叠一般多发生在空肠或回肠
常见的为6～12月幼儿的小儿肠套叠一般无明显原因，因而称为自发生肠套叠。6～12月往往是幼儿断奶及改变食物的年龄有人认为随着食物的改变肠道内细菌也起变化，易引起粘膜下Peyer斑炎症肿胀而诱发肠套叠。幼儿肠套叠大多发生在末段50cm回肠该处Peyer斑也最多。
肠套叠由三层肠壁组成：外壁为鞘部套入部又由最内壁和反折壁组成。套入部的最前端为顶部，鞘部的开口处为颈部套入部系膜血管为鞘部挤压而使套入肠管充血、水肿以至坏死。肠套叠发生后只要肠系膜够长且肠管可活动，套入部的顶部可继续向前推进到左侧结肠。
按套入肠的顶部和外鞘颈部肠段的不同可分为不同类型按照Perin和Lindsay的统计，最多见的为回盲型，占39%其次为回结型，31.5%，回回型
6.7%和结结型，4.7%，其余为少见类型
