慢性便秘的鉴别诊断中
应注意（1）功能性便秘和盆底排便障碍（2）功能性便秘和肠易激综合征（3）先天性巨结肠和结肠假性肠梗阻的鉴别
功能性便秘（functional constipation）和盆底功能障碍（pelvic floor dyssynergia）：前者指无器质性疾病证据的慢性便秘部分功能性便秘患者有盆底障碍的表现后者需伴有盆底障碍的表现即符合罗马II的功能性便秘的诊断标准还需具备盆底障碍的客观依据即：（1）
有肛门直肠测压肌电图或X线检查的证据表明在反复作排便动作时盆底肌群不合适的收缩或不能放松（2）力排时直肠能出现足够的推进性收缩（3）并有粪便排出不畅的证据
功能性便秘和便秘型肠易激综合征[2]：两者均属于功能性肠病X线钡剂灌肠或结肠镜检查均不显示有病变也无系统性疾病的证据罗马II对FC和IBS均有详细的诊断标准[2]所不同的是IBS患者有腹痛和/或腹胀且和异常的排便（便秘或腹泻）有关IBS的亚型有便秘型（C-IBS）腹泻型（D-IBS）以及交替型（A-IBS）其中C-IBS的罗马II诊断标准强调了患者有便次减少粪便变硬和排便困难等
先天性巨结肠（Hirschsprung's diseaseHD）和结肠假性梗阻：两者均为动力障碍疾病但前者是由于远端结肠病变肠段肌间神经丛缺乏神经节细胞使结肠的正常蠕动和肛门内括约肌对直肠扩张的反射性松弛消失钡剂灌肠可显示病变肠段呈不规则狭窄与正常肠段有一过度区呈圆锥形[8]而近端结肠扩张临床大多为慢性便秘症状肛指检查时可诱发排气与排出糊状粪便直肠肛门测压显示直肠内压高于正常伴波频增加肛管上部频率降低波幅增宽用气囊扩张直肠后缺乏肛门直肠抑制反射直肠活检HE染色可以确诊HD; 乙酰胆碱酯酶活性（acetycholinesterase）增加结肠假性梗阻属肠道肌肉神经疾病又称Ogilvie综合征表现为严重便秘腹胀和腹膨隆结肠普遍扩张但不存在机械性梗阻结肠假性梗阻可继发于糖尿病硬皮病腹部手术后等
