IBS主要需与下列疾病鉴别：
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吸收不良综合征：本征常有腹泻
但大便常规可见脂肪和未消化食物
2慢性结肠炎：亦常有腹痛腹泻但以粘液血便为主结肠镜检查所见结肠粘膜充血水肿糜烂或溃疡
3慢性痢疾：腹泻以脓血便为主粪常规可见大量脓血球或见痢疾杆菌大便培养可见痢疾杆菌生长
4Cronh病：常有贫血发热虚弱等全身症状肠镜检查见“线性溃疡”或肠粘膜呈“铺路石样”改变
5肠结核：有腹痛腹泻粪便中可脓血并有全身中毒症状如消瘦低热等或有其他结核病灶
6肠肿瘤：可有腹泻但以陈旧性血便为主肠镜及X线钡灌肠及直肠指诊可有阳性体征
7其他疾病：如消化性溃疡肝胆系统疾病等
值得提出的是有些患者为泻药滥用者或长期使用者需详细采集病史以防误诊
