㈠菌群分析：为主要检查方法
有定性分析和定量分析2种
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定性分析：与一般微生物学检查相同如葡萄球菌炎粪便涂片革兰氏染色可发现成堆的阳性葡萄球及中性多形核细胞粪便培养可有大量葡萄球菌生长白色念珠菌性肠炎可采取其病理材料直接涂片经氢氧化钾溶液处理并革兰氏染色镜检可见成簇的卵圆形白色念珠菌革兰氏染色阳性细胞内着色不均匀细菌培养可形成奶油色表面光滑细菌样落带有酵母气味但除三度比例失调（即菌群交替症）能检出外其他比例失高则难以分析因此除定性检查外尚需进一步作定量检查以判断数值是否正常
2定量检查：首先需将粪质均质化并按一定比例稀释培养后还须计算各类细胞菌落计数以求出细菌总数值手续麻烦一般实验室很少采用正常菌群分析所用的培养基要求具有高度的选择性如S培养基对肠道致病菌伊红美蓝培养基对肠道需氧的革兰氏阴性杆菌7.5%氯化钠琼脂对葡萄球菌少鲍氏琼脂对真菌等培养方法除需氧培养外必要时尚需厌氧培养需氧培养与一般细菌培养相同厌氧培养则采用生物厌氧法或厌氧缸法
㈡结肠镜检查：肠粘膜呈弥漫性充血水肿血管分支模糊不清或消失有散在的糜烂溃疡及出血有时可见黄色假膜附着
