本菌通常经呼吸道进入人体
肺是感染的首发部位正常人吸入隐球菌后
引起肺内感染病变多仅局限于肺部很少出现症状常有自愈倾向若因过度劳累或有免疫缺损的慢性病患者（如晚期恶性肿瘤
白血病长期接受大剂量激素广谱抗生素及抗癌药等治疗）吸入真菌后在肺内形成病灶可经血行播散至全身且多侵入中枢神经系统
本菌感染后仅引起轻度炎症反应肺部有局限性或广泛性肉芽肿形成坏死和空洞少见钙化和肺门淋巴结肿大极为罕见也可在胸膜下形成小结节隐球菌可在脑部冠状切面的灰质部分产生病变常可引起脑膜脑炎
