男生殖系结核的治疗必须包括全身治疗和男生殖系的治疗
全身治疗与一般的结核病治疗相同男生殖系治疗包括药物治疗和手术治疗两部分：
（一）药物治疗 男生殖系结核用抗结核药治疗有较好的效果前列腺及精囊结核均可用药物保守治疗药物治疗的方法与肾结核相同
采用以异烟肼
链霉素利福平等为主的两种或三种药联合应用应用的疗程一般经验为6～12个月
（二）手术治疗 男生殖系结核的手术治疗主要解决生殖系的附睾结核附睾结核的解决有助于生殖系其他部位结核（精囊前列腺）的愈合手术在附睾病变局限后施行与肾结核相同在手术前后亦需要给抗结核药物
附睾切除的适应证：
1．一侧附睾结核
2．一侧附睾冷脓疡形成
3．双侧附睾冷脓疡形成
4．一侧附睾阴囊慢性窦道形成
5．双侧附睾阴囊慢性窦道形成
附睾切除时输精管的切端应尽量高位切断并移植于皮下以免缩回预防残留的输精管内结核病变在阴囊内形成结核性脓疡在切除附睾时睾丸应尽量保留如睾丸已有病变累及则将病变部分的睾丸一起切除以保留部分的睾丸功能；若病变已累及大部分睾丸睾丸无法保留时则可将睾丸一并切除
对附睾切除时对侧输精管的处理意见尚不一致对术前精液常规检查已无精子者以将对侧输精管结扎为宜
