有明显的脑膜刺激征出现以前应与一般非神经疾患相鉴别
包括上呼吸道感染
肺炎消化不良蛔虫病伤寒手足搐搦症等此时做腰椎穿刺检查脑脊液即可明确诊断
在出现脑膜刺激症状及体征后甚至在脑脊液检查后仍需与一系列中枢神经系统疾患相鉴别
1化脓性脑膜炎 其中最易混淆者为嗜血流感杆菌脑膜炎因其多见于2岁以下小儿脑脊液细胞数有时不甚高其次为脑膜炎双球菌脑膜炎及肺炎双球菌脑膜炎鉴别除结核接触史结素反应及肺部X线检查可助诊断外重要的还是脑脊液检查在细胞数高于1000×106/L（1000/mm3）且分类中以中性多形核粒细胞占多数时自应考虑化脓性脑膜炎；但更重要的是细菌学检查
2病毒性中枢神经系统感染 主要是病毒性脑炎病毒性脑膜脑炎及病毒性脊髓炎均可与结脑混淆其中散发的病毒脑炎比流行性者更需要加以鉴别
各种病毒性脑膜炎之诊断要点为：①常有特定之流行季节②各有其特殊的全身表现如肠道病毒可伴腹泻皮疹或心肌炎③脑脊液改变除细胞数及分类与结脑不易鉴别外生化改变则不相同病毒性脑膜炎脑脊液糖及氯化物正常或稍高蛋白增高不明显多低于1G/L（100mg/dl）④各种病毒性脑炎或脑膜炎有其特异的实验室诊断方法如血清学检查及病毒分离等（参阅各有关专章节）
轻型病毒脑炎和早期结脑鉴别比较困难处理原则是：①先用抗结核药物治疗同时进行各项检查如结素试验肺X线片等以协助诊断②不用激素治疗如短期内脑脊液恢复正常则多为病毒脑炎而非结脑③鞘内不注射任何药物以免引起脑脊液成分改变增加鉴别诊断之困难
3新型隐球菌脑膜脑炎 其临床表现慢性病程及脑脊液改变可酷似结脑但病程更长可伴自发缓解慢性进行性颅压高症状比较突出与脑膜炎其他表现不平行本病在小儿较少见故易误诊为结脑确诊靠脑脊液涂片用墨汁染色黑地映光法可见圆形具有厚荚膜折光之隐球菌孢子沙保培养基上可有新型隐球菌生长
4脑脓肿 脑脓肿患儿多有中耳炎或头部外伤史有时继发于脓毒败血症常伴先天性心脏病脑脓肿患儿除脑膜炎及颅压高症状外往往有局灶性脑征脑脊液改变在未继发化脓性脑膜炎时细胞数可从正常到数百多数为淋巴细胞糖及氯化物多正常蛋白正常或增高鉴别诊断困难时可借助于超声波脑电图肺CT及脑血管造影等检查
5脑肿瘤 但脑瘤与结脑不同处为：①较少发热②抽搐较少见即使有抽搐也多是抽后神志清楚与晚期结脑患儿在抽搐后即陷入昏迷不同③昏迷较少见④颅压高症状与脑征不相平行⑤脑脊液改变甚少或轻微⑥结素试验阴性肺部正常为确诊脑瘤应及时作脑CT扫描以协助诊断
典型的结脑诊断比较容易但不些不典型的则诊断较难不典型结脑约有以下几种情况：①婴幼儿起病急进展较快有时可以惊厥为第1症状②早期出现脑实质损害症状表现为舞蹈症或精神障碍③早期出现脑血管损害表现为肢体瘫痪者④同时合并脑结核瘤时可似颅内肿瘤表现⑤其他部位的结核病变极端严重可将脑膜炎症状及体征掩盖而不易识别⑥在抗结核治疗过程中发生脑膜炎时常表现为顿挫型对于以上各种不典型的情况诊断需特别谨慎防止误诊
