（一）中毒性菌痢 与乙脑流行季节相同
多见于夏秋季但起病比乙脑更急多在发病一天内出现高热
抽搐休克或昏迷等
乙脑除暴 发型外很少出现休克可用1%～2%盐水灌肠如有脓性或脓血便即可确诊
（二）化脓性脑膜炎 病情发展迅速重症患者在发病1～2天内即进入昏迷脑膜刺激征显著皮肤常有瘀点脑脊液混浊中性粒细胞占90%以上涂片和培养可发现致病菌周围血象白细胞计数明显增高可达2万～3万/mm3中性粒细胞多在90%以上如为流脑则有季节性特点早期不典型病例不易与乙脑鉴别需密切观察病情和复查脑脊液
（三）结核性脑膜炎 无季节性起病缓慢病程长有结核病史脑脊液中糖与氯化物均降低薄膜涂片或培养可找到结核杆菌X光胸部摄片眼底检查和结核菌素试验有助于诊断
（四）其他 如脊髓灰质炎腮腺炎脑炎和其他病毒性脑炎中暑和恶性疟疾等亦应与乙脑鉴别
